از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پردهٔ ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد.[۲۸][۲۹] از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان زهرا مریخی است
سازمان مجاهدین خلق ایران سازمان سیاسی اسلامگرا و چپگرا با ساختار شبهنظامی است. رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است.