پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری ابوالحسن بنیصدر، این سازمان، هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد.
ولی دربارهٔ اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله روحالله خمینی، به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی، فعّالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند
پس از آن، اعضای سازمان به دو دستهٔ: مارکسیست به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام و نیز مسلمان به رهبری مسعود رجوی و موسی خیابانی، تقسیم شدند
و با بهدست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیهٔ اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به مارکسیسم را منتشر کردند.