در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ تقی شهرام و بهرام آرام، اقدام به ترور و حذف اعضای مذهبی، از جمله، مجید شریف واقفی در بیرون زندان کردند
به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به اعدام، محکوم و برخی نیز زندانی شدند.
سازمان مجاهدین پس از شکل‌گیری، به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت. در سال ۱۳۵۱ سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیهٔ این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت
اما بعد از انقلاب سال ۱۳۵۷، عبدالرضا نیک‌بین از فهرست رسمیِ بنیان‌گذاران، حذف شد و علی‌اصغر بدیع‌زادگان — که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود — جایگزین او شد
این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴[۳۲] به‌رهبری محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک‌بین پایه‌گذاری شد
