از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پردهٔ ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد.[۲۸][۲۹] از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان زهرا مریخی است